Gerrit Kuiper was een geboren Amsterdammer die opgroeide in Heemstede en Bloemendaal en vervolgens via Enschede, waar hij de christelijke ulo bezocht, weer terugkeerde naar de hoofdstad. Kuiper behaalde er in 1941 zijn diploma hbs-a en begon aansluitend een studie sociale aardrijkskunde aan de Universiteit van Amsterdam. Na zijn afstuderen, in 1948, werd hij deeltijd-docent bij het Instituut voor Sociale Wetenschappen in Den Haag.

Kuiper werd in 1949 sociografisch medewerker van het Economisch Technologisch Instituut voor Overijssel. Drie jaar later verbond hij zich aan het Instituut voor het Sociaal Onderzoek van het Nederlandse Volk (ISONEVO). In 1954 promoveerde Kuiper aan de Utrechtse rijksuniversiteit op het proefschrift Mobiliteit in de sociale en beroepshiërarchie. In hetzelfde jaar werd hij lector sociografie aan de VU met de openbare les Terreinverkenning voor het sociografisch onderzoek naar de sociale afstand tussen leiders en leden, een betrekking die in 1958 werd omgezet in een hoogleraarschap. Op 17 oktober van dat jaar hield hij zijn inaugurele rede  Het ritme in het maatschappelijk proces. Kuiper werd een van de grondleggers van de nieuwe Faculteit Sociale Wetenschappen in 1963. Deze faculteit herbergde een aantal bestaande studierichtingen op sociologische gebied en op het gebied van de menswetenschappen.

Kuiper trad op als erepromotor van Martin Luther King, die in 1965 een eredoctoraat ontving in de sociale wetenschappen.